La biotecnología ambiental se ocupa de la aplicación de los procesos biológicos realizados por microorganismos y plantas, para corregir y mantener la calidad del medio ambiente. La Biotecnología Ambiental promueve la obtención de bioenergías provenientes de residuos industriales y urbanos. También controla y trata con la contaminación producida por herbicidas, pesticidas, e insecticidas, realiza ensayos sobre la toxicidad de diversos compuestos en la naturaleza. Propone el uso de microorganismos adaptados a medios altamente tóxicos como es el caso de la presencia de metales pesados como manganeso, plomo, cromo, zinc, cobre, níquel, mercurio permite trasnformarlos mediante diversas reacciones bioquímicas. El uso de diversas técnicas como la biometanización, las lagunas de estabilización y los filtros percoladores permiten resolver de modo diferente e innovador el problema de la contaminación ambiental.

Proceso de rizofiltración en una planta cementera